OK Panowie - znalazlem rozwiazanie, powod itd...
Okazuje sie, ze teoretycznie oprogramowany Atmel nie do konca jest oprogramowany dobrze... Przeinstalowalem Firmware w TT4 i wszystko ruszylo od strzalu - udalo mi sie wszystko oprogramowac i robie testy - to na wypadek jakby ktos chcial zobaczyc moje ramki i mnie opiorkac za generowanie natloku w sieci...

Nie ma specjalnych wymogow co do predkosci portu, ma to byc ustawione oczywiscie jako RS232 na zworkach wewnatrz...
Programowanie zatem wyglada nastepujaco:
1. Znak i symbol, komentarz oraz sciezka to proste - tlumaczyl nie bede...

2. Timing - tu ustawia sie tylko czasy, w sumie nie ruszalem tych opcji poniewaz wlaczylem Smart Beaconing i dobralem czasy nadawania dla wolniejszej i szybszej jazdy - czy dobrze wyjdzie w praniu...
3. Waypoint OUT - nie wlaczam, nie mam takiej opcji w GPS, ktora pozwoli mu odbierac cokolwiek z TT4...
4. Telemetry - nic nie wysylam...
5. Opcje po prawej na gorze - w zwiazku z tym, ze korzystam z Mic-E nie sa one uwzgledniane
6. Mic-E: Enable oczywiscie, komentarz "En route", Path Conventional
7. Time Slotting - wylaczony,
8. SmartBeaconing - wlaczony oczywiscie
9. Power Switch - opcja nie dziala aktualnie - zgodnie z tym co podaje Byonics...
10. Carrier detect i ponizej - zostawilem default...
11. Configure - mam tylko COM1 w komputerze wiec nie mialem wiekszego wyboru, ale tu ustawia sie port na jakim sie laczymy z TT4...
Opcje Save, Load - pozwalaja na zapisanie i wczytanie wczesniej zapisanej konfiguracji z pliku konfiguracyjnego - przydatne przy duzej ilosci testow...
Na gorze widac dwie zakladki: Primary/Secondary - pozwalaja one przygotowac dwie niezalezne konfiguracje - np. dla samochodu i rowera czy pieszego... Mozna je oczywiscie przelaczac bez rozbierania urzadzenia - wystarczy zrobic soebie przelacznik przy wtyku DB-9 i uziemic pin 4 - uziemiony da Secondary a wolny da Primary (i tak tez dziala przy normalnych ustawieniach bez kombinowania)
Oprocz moich osobistych problemow z Firmware i koniecznoscia jego przeladowania samo programowanie jest bajecznie proste - po raz kolejny za sprawa dobrze napisanej instrukcji...